主耶稣升天以后，教会正迅速地扩展。然而，这难免罗马皇帝及政府的逼迫，为了信仰而殉道的人因此增多，殉道的精神使他们被称为殉道者，在信仰里面，是极被尊敬的。教会所期待的全面得胜究竟在几时呢？
教会乃是圣灵所建造、圣灵亲自引导的群体，但早期教会因受到罗马帝国及希腊文化的影响，教会内部产生了许多不合，主要是教义上的争辩。教义争辩过程是教会历史上非常重要的部分，为正确信仰极力护卫及争辩的人，被称为护教者。
教父时期，也有不少异端出现，最主要的无非就是诺斯底主义及孟他努主义。面对这些异端，开始了对于基督位格的争论；也因为面对这些异端，产生了信经、正典、及教会组织。教会发展为组织，主教制因此产生，居普良主教更表示『教会以外没有救恩；凡不与主教同在的都不在教会里』。
奇妙的事情发生在君士坦丁皇帝时期，就是皇帝宣布停止对基督教的逼迫。教会因此获得传扬的全面自由，可见，三百年来的血腥逼迫，神仍然超自然地保守。这就是教会复兴的时期吗？过后引发的政教合一，却是种堕落的开始，“信”耶稣，竟成为了一种为自己取利的途经。
一方面，在面对异端亚流派方面，公元325年尼西亚会议宣告了基督具神性的重要神学立场。而公元381年君士坦丁堡会议也宣告了圣灵具神性。一项重要的教义也在公元431年的以弗所会议中宣告：人类全然堕落。另一项则在公元451迦克墩会议中宣告：基督具人性与神性。
在原罪方面，奥古斯丁与伯拉纠之间的辩论甚是激烈，最后教会的会议也宣判了伯拉纠为异端，赞成奥古斯丁的原罪说。罪是如此地真实，教会虽然是一群圣徒，肢体里的罪恶仍然是可寻的，信主后的人并没有达致完全圣洁的地步。因此，产生了修道主义，为了达致完全的圣洁，不少信徒追求禁欲的生活。
罗马因着蛮族、歌德人的入侵，国家陷入混乱的状态当中。西罗马的教会虽有继续成长的现象，东罗马却难逃亚拉伯人的入侵，最后甚至回教在东罗马一代取代了基督教。
外在逼迫，内在忧患；在这战乱的时期，教会似乎救了罗马帝国。基督教影响了国家，国家赋予基督教自由，甚至权力。然而至终却为基督教带来了宗教上的权势，甚至霸权。彼得被认为是第一代教皇，加上假文件的出现：『君士坦丁御赐教产谕』及『伊西多尔教令集』，教皇制因此产生。极惊人的无非就是公元891－955年之间，竟然有超过二十个人陆续登上教皇之位分。
公元1054年，东西方教会正式分裂。当时候的政府虽然衰弱，教皇的权势却仍旧扩张。可是，教会内部的败坏，从转售教皇的事件上显得可怕，十二岁就当上教皇的本尼狄克九世，以后竟以一千磅银子出售教皇职分。以后更有赎罪卷的使用，这无非为教皇带来了一笔可观的收入。教会内部既然呈现罪恶败坏的一面，就产生了另一个极端：禁欲主义，以至修道院因此被推行，为的是要与教会中表面化的信仰生活抗衡。
这段期间，也有不少改革的努力，其一就是从修道院开始的克吕尼运动的改革。为了收复失去的圣地，教皇乌尔班二世宣布教会发起十字军运动，大力鼓励信徒参与圣战，以减少炼狱，并向信徒确保在战场中丧生的人将得永生。十字军的努力，最大的错误在于其崇拜对象：圣城及圣物。
教会应该如何面对及处理与之不同的信仰教导呢？罗马天主教因此发明了异端裁判所。为了灭绝异端，罗马天主教除灭了真异端，也残忍地逼迫了许多持真信仰的信徒。在这种教会权威至高的趋势下，威克里夫坚信唯有圣经才是信仰的根据，教会的传统及教导并没有至高的信仰权威，他称教皇为敌基督，努力将圣经翻译为英文。文艺复兴也促成许多知识分子对教会所传的教导产生怀疑。
公元1517年，德国的马丁路德将九十五条对罗马天主教信仰发出的挑战张贴于威登堡教堂的大门前，这举动稍后几乎停止了赎罪卷的出售。他坚信圣经是信仰生活的至高权威，以此攻击教皇的权威。在墨兰顿的协助下，马丁路德进行了许多宗教改革的工作，因信称义的教义极被重视。
瑞士的慈运理与法国的加尔文在各自服事的区域也相续介入了这深具意义的宗教改革行动。正如威克里夫，加尔文与路得坚信每个人都有权力自己读圣经。26岁的加尔文就出版了初版的基督教教义（Institutes of the Christian Religion），影响了许多复原派（抗罗宗；protestant）的信徒，虽然当时大多数复原教属路德派。
渐渐的，跟随慈运理及加尔文神学思想的复原派信徒被称为改革派（Reformed）。德文的海得堡信仰问答被翻译为荷文，被荷兰改革宗教会使用。苏格兰复原派则深受加尔文影响，领导者诺克斯接受加尔文全套神学系统。
当然，逼迫依然没有停止，英国在血腥玛利的统治下，大约三百人被火烧死（大部分是复原派信徒）。罗马皇帝虽想让复原派信徒和天主教信徒合一，天特会议之后，双方的不合却来到更激烈的地步。公元1572年法国圣巴多罗卖日大屠杀，超过两千个复原派信徒被杀，法国因此陷入了极混乱的局面。世界多处都有双方的争战，所幸大部分复原派与天主教之间的争战至终于公元1648年宣告结束。
结论
回顾教会历史，不难发现教会传统一方面是教会的资产，一方面也是教会的负资产，因为多少都结合了圣经里面所没有的教导；一些教导有助于教会带来属灵上的复兴，一些教导则引导教会进入属灵上的破产。
教会在历史当中经历了多次的忧伤、黑暗，信仰教导上的错谬不在话下，圣徒堕落败坏的举止令人乍舌。是谁？透过什么引导信徒归回正路？是神，是神的话。因此，对教会历史的一个反省，也是对所有信徒的一个提醒：神的话，也就是祂所默示的圣经，才是信仰与神学的至高权威，而不是教会传统、教皇、教义、神学家、圣徒，或教会本身。
耶利米书9：10（和合本）似乎告诉我们，神也会哀伤，神也会哭泣。但是，无法确定9：9－11这里的『我』是否都指向神呢？看来需要取决于9：9这里的 － 『耶和华说』 － 在翻译上的字词位置。《新译本》将之置于此节的尾端，并翻译为『这是耶和华的宣告』，是否其目的是要区别9：10为耶利米本身的论述（是先知耶利米要哭泣哀号，而不是神）？若是这样，或许在翻译上就已受到翻译者先入为主的观念所影响了。
